تسعى مديرية العلوم الإنسانية والاجتماعية إلى أن تكون لبنة أساسية من لبنات بناء عالم إسلامي أفضل، وإرساء نظام حضاري للمعرفة، يتطور وينمو بفضل إمكانات الأفراد، وخاصة منهم النساء والشباب الأطفال. وتتمثل أولويات المديرية في تطوير برامج عمل عالية الجودة تستند إلى تجارب وخبرات بحثية دولية جيدة، وفهم واستيعاب قضايا العالم الإسلامي وتحولاته، والتحديات التي يواجهها وتأثيراتها، والمتمثلة أساساً في الأمن الاقتصادي والغذائي والصحي، الحقوق الإنسانية والمدنية والاقتصادية والاجتماعية، الكرامة والإدماج الاجتماعي والاقتصادي.

تنهج المديرية المقاربة المتعددة القطاعات، من أجل تنفيذ خطة عملها، عبر إرساء التعاون المشترك بين القطاعات وتبني المقاربة اللامركزية. وستساهم المديرية في توفير الخبرة وإدارة المعرفة لرسم خطط الإيسيسكو، التي تتطلب تدخلات بشرية واجتماعية.