تركز مديرية العلوم والتكنولوجيا والابتكار مهمتها في التغلب على التحديات التي يواجهها العالم الإسلامي من خلال تشجيع اعتماد التكنولوجيا الجديدة، واكتساب أو تحسين المهارات ضمن هذه الأخيرة على جميع المستويات واستخدام أدوات وأساليب جديدة للتنمية والنمو القائمين على المعرفة، وتعزيز الاقتصاد القائم على التكنولوجيا، إلى جانب سد الفجوة بين الجنسين في العلوم والتكنولوجيا، وتشجيع الإدارة المستدامة للموارد الطبيعية والإدارة البيئية، وتعزيز المرونة والتأهب للكوارث الطبيعية وآثار تغير المناخ. وتُشرك المديرية أطراف وطنية ودولية من الأوساط الأكاديمية والمؤسسات العلمية والحكومات، والمنظمات الدولية وهيئات صنع القرار والمجتمع المدني، لمواجهة هذه التحديات وتعزيز التضامن بين الأطراف المعنية، عبر تطوير شبكات متينة للمشاركة والتعاون والتفاعل، لأجل تبادل الخبرات والتقنيات والأدوات.